La qualité de la nappe sur le territoire du PAT est suivie par 42 de stations de mesures (captages AEP, réseau du Conseil général). La teneur en nitrates dans la nappe n'est pas homogène; elle est étroitement liée à l'intensité des échanges qui peuvent exister avec le Gave. Sur la basse terrasse, à proximité du Gave (dont la teneur en nitrates ne dépasse pas 10mg/l), elle est en générale inférieure à 15 mg/l; sur les moyennes et hautes terrasses elle peut dépasser en moyenne 65mg/l (cf. figure 1).

Sur ce territoire, la contamination de la nappe par les nitrates résulte de la conjonction de plusieurs facteurs:

• maîtrise insuffisante de la fertilisation (minérale et organique) qui génère des excédents non utilisés par les plantes
• minéralisation automnale de l'azote du sol liée aux conditions climatiques
• sols filtrants souvent nus pendant la période de lessivage hivernal
• nappe libre peu profonde

Les teneurs les plus faibles correspondant aux secteurs où la culture du maïs est la moins développée et où il existe une dilution par les apports du Gave.

Des molécules phytosanitaires utilisées pour le désherbage du maïs sont également des facteurs de contamination de la nappe dans les secteurs de grandes cultures. L'interdiction d'utiliser la simazine puis l'atrazine a permis d'améliorer globalement la qualité de la nappe bien qu'elles puissent encore contaminer certains forages (cf. figure 2). Les molécules utilisées actuellement dans les stratégies de désherbage ne sont retrouvées que de façon ponctuelle sous forme de traces.
Compte tenu de ces éléments, la localisation des champs captants et de leurs ouvrages cherche à concilier plusieurs préoccupations:

• recherche des secteurs les plus productifs
• protection contre les différentes formes de pollutions

  
La pollution de la nappe par les nitrates a ainsi poussé les syndicats AEP déplacer certains forages en bordure du Gave dans la saligue bien que d'autres inconvénients puissent alors exister (sensibilité plus grandes aux pollutions du Gave, risque d'érosion, lutte contre les plantes invasives…). C'est pourquoi l'amélioration de la qualité globale de la nappe vis-à-vis des nitrates constitue un enjeu pour les 5 collectivités productrices d'eau potable qui portent ce plan d'actions territorial.